Het daltononderwijs in de onderbouw vwo en havo vormt een uitstekende voorbereiding op het Studiehuis in de bovenbouw.

Twee uur per dag beslissen de leerlingen zelf waar ze naar toe gaan: huiswerk maken in de aula, aan een werkstuk of opdracht werken in de mediatheek of extra aandacht besteden aan bijv. Frans of wiskunde in een daltonvaklokaal. Leerlingen van verschillende leerjaren ontmoeten elkaar tijdens dalton en kunnen elkaar helpen. De docent heeft tijdens deze lessen meer tijd om aandacht te besteden aan indviduele vragen of problemen. Het jaar is verdeeld in 4 periodes van ongeveer 9 weken; per periode staan er minder verschillende vakken op het rooster dan op een traditionele school; zo kunnen de leerlingen hun aandacht richten op minder vakken en is de tas wat minder zwaar! Iedere leerling heeft een daltonplanner waarin hij samen met de mentor bepaalt wat hij gaat doen tijdens de daltonuren. Iedere week tijdens het mentoruur wordt de planning voor de komende week doorgenomen. In de daltonwijzers staat per vak precies vermeld wat wanneer gedaan moet zijn. Aan het begin van iedere periode wordt het toetsrooster uitgedeeld, zodat de leerlingen in hun eigen tempo kunnen werken aan de voorbereiding van de verschillende toetsen. Op het Stedelijk Dalton College bestaat tevens de mogelijkheid om te kiezen voor de muziek theaterklas met muziek, dans en drama.