Tweede fase is de naam voor de bovenbouw van vwo en havo. In de tweede fase worden de lessen gegeven volgens profielen. Per vak wordt gewerkt met studiewijzers: de leerlingen zijn hiermee al sinds de brugklas vertrouwd. Er wordt gestreefd naar variatie in de manier waarop de stof wordt aangeboden: zelfstandig werken, samenwerken en klassikaal lesgeven.
In de tweede fase ligt sterk de nadruk op eigen verantwoordelijkheid, zelfstandigheid en actief studeren: het studiehuis. De leerlingen zijn hierop al voorbereid tijdens de projectlessen in de onderbouw. In de tweede fase werken ze dan regelmatig alleen of in groepjes aan een opdracht en gaan op zoek naar informatie. De rol van de leraar is daarin meer begeleidend.


Per groep van ongeveer 15 leerlingen is er een mentor die samen met de leerlingen nauwkeurig de vorderingen, het werken met studiewijzers en het plannen van grotere opdrachten bijhoudt.